Existem mais de 200 tipos diferentes de HPV. Eles são classificados em de baixo risco de câncer e de alto risco de câncer. Somente os de alto risco estão relacionados a tumores malignos. Os vírus de alto risco, com maior probabilidade de provocar lesões persistentes e estar associados a lesões pré-cancerosas são os tipos 16, 18, 31, 33, 45, 58 e outros. Já os HPV de tipo 6 e 11, encontrados na maioria das verrugas genitais (ou condilomas genitais) e papilomas laríngeos, parecem não oferecer nenhum risco de progressão para malignidade, apesar de serem encontrados em pequena proporção em tumores malignos.
Segundo dados do Instituto Nacional do Câncer, estima-se que o câncer do colo do útero seja o terceiro mais comum na população feminina. As estimativas sobre incidência e mortalidade prevêem 473 mil novos casos e 233 mil óbitos, , constituindo-se em um dos mais graves problemas de saúde pública, especialmente para os países em desenvolvimento como o Brasil (cerca de 40 mil novos casos por ano).
O ensaio da PCR é uma técnica utilizada em testes clínicos para detecção de alterações genéticas ou infecções por diferentes agentes etiológicos, podendo ser considerada a mais sensível na identificação do DNA do HPV nos mais diferentes materiais clínicos. A detecção por PCR pode ser qualitativa indicando a presença do microorganismo em questão ou quantitativa, a qual pode avaliar a quantidade de material genético em uma amostra biológica. Os métodos de diagnóstico para a infecção por HPV baseados em PCR têm a maior sensibilidade de detecção dos genomas virais, quando comparados com outras metodologias.
A PCR é capaz de detectar 1 partícula viral em cada 1000 células; a técnica permite, também, verificar infecções por múltiplos tipos e avaliar o risco oncogênico da população viral infectante.
Após a comprovação da relação entre o Papiloma Vírus Humano (HPV) e o câncer cervical, e dos resultados dos estudos que sugeriram que aproximadamente 15% das mulheres com Papanicolau negativo, mas HPV positivas, terão alterações na citologia dentro dos próximos cinco anos, a ACS divulgou suas diretrizes recomendando o uso do teste HPV-DNA de Alto Risco associado a citologia (com intervalo de 3 anos, no caso de ambos os testes negativos), para o rastreamento primário em mulheres com 30 anos ou mais. Em julho de 2003, o The American College of Obstetricians and Gynelocologists fez a mesma recomendação.
Um dado divulgado recentemente pela Federação Brasileira das Associações de Ginecologia e Obstetrícia (Febrasgo) de que o papanicolau pode apresentar erro de até 60% em seu diagnóstico final. A explicação para as falhas significativas seria por conta do processo de análise ser praticamente artesanal. Durante as etapas do exame, ocorre a perda natural de parte das células coletadas e isso faz com que o resultado fique comprometido. "Não é o médico ou o laboratório que erra na hora da análise. É o próprio processo utilizado, o principal causador das adulterações no resultado final.
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